در دورهٔ تيموري، با همه ويرانى‌ها و خشونت‌هايى که اتفاق افتاد، هنر نگارگرى ادامه يافت و به‌طرز شگفت‌آورى ترقى کرد. پايتخت تيمور سمرقند بود و مرکزيت هنرى کوتاهى در اين پايتخت فراهم آمد و در واقع طليعهٔ مکتب هرات بود.
پس از مرگ تيمور، در زمان شاهرخ، هرات مرکزيت پيدا کرد و شاهرخ در آن محل کارگاهى برپا کرد که به‌کار مصورسازى پرداخته شود. در زمان شاهرخ و جانشينان او به‌خصوص بايسنقر، بيشترين توجه به شاهنامه معطوف بود. از نگارگران زمان شاهرخ که معروف بودند، مولانا خليل نقاش (مانى ثاني) را مى‌توان نام برد. در آن زمان همسر شاهرخ گوهرشاد بيگم، مسجد گوهرشاد را ساخت.
سه پسر شاهرخ به‌نام‌هاى بايسنقر، ابراهيم سلطان والغ بيگ به ترتيب کارگاه‌هاى خود را در هرات، شيراز و سمرقند بر پا کردند. و به يارى آنها بود که گام نخست در تحول کتاب‌نگارى عهد تيمور برداشته شد. البته پيش از اين اسکندر سلطان نوادهٔ تيمور هنرمندان برجسته را در شيراز گرد آورده بود.
دورهٔ زمامدارى شاهرخ، بى‌ترديد از پررونق‌ترين ادوار تاريخ ايران محسوب مى‌شود. اين رونق در کتب خطى بى‌نظير و بسيار نفيسى که در اين دوره تهيه شده‌اند، به‌خوبى منعکس است. هرات در زمان شاهرخ، مرکز بى‌رقيبى براى نقاشى تيمورى بود و هنرپرورى خاندان تيمورى بيش از شيراز در هرات جلوه کرد. بايسنقر ميرزا پس از به‌دست گرفتن حکومت هرات به فرمان شاهرخ، کتابخانه و کارگاه بزرگى در اين شهر برپا کرد و برجسته‌ترين استادان زمان را از سراسر ايران در دربار خويش گرد آورد.
کسانى چون جعفر تبريزي، قوام‌الدين، ميرخليل، پيراحمد باغ‌شمالى و خواجه غياث‌الدين. شاهنامهٔ مشهور به بايسنقرى (۸۳۳ هـ.ق.) نمونهٔ بارزى از سبک نگارگرى در عهد بايسنقر است.سبک رسمى و قانون‌مندى که در هرات و زير نظر باسنقر ميرزا شکل گرفت بر تحولات بعدى نگارگرى در دربارهاى تيموريان، ترکمانان و صفويان بسيار تأثير گذاشت. از آخرين آثار اين عهد بعد از مرگ بايسنقر، شاهنامهٔ محمد جوکى است.
هرات پس از مرگ شاهرخ (۸۵۰ هـ.ق.) و تا آغاز پادشاهى حسين بايقرا، يک دورهٔ اغتشاش و رکود هنرى را گذرانيد.
يکى از زيباترين آثار دورهٔ تيمورى و مکتب هرات، کليله و دمنه‌اى است که در موزهٔ گلستان نگهدارى مى‌شود. نگارگر اين کتاب خليل نقاش است. همچنين جامع‌التواريخ اثر حافظ ابرو که امروزه در موزهٔ رضا عباسى نگهدارى مى‌شود از کتاب‌هاى مصور اين دوره است.
از نگارگران اين دوره امير شاهى سبزواري، غياث‌الدين، استاد سيدى احمد نقاش و خواجه على منصور را مى‌توان نام برد که به دعوت بايسنقر از تبريز به هرات آمدند.
از زمانى‌که سلطان حسين بايقرا در هرات بر تخت نشست، شعر و موسيقي، نگارگرى و ديوارنگاري، معمارى و باغ‌سازى و هنرهاى ديگر رونق تازه‌اى يافتند و هرات در اين دورهٔ ۳۸ ساله، شکوفايى فرهنگى تازه‌اى را تجربه کرد.
در اين دوره در کارگاه‌هاى دربار او کمال‌الدين بهزاد به فعاليت پرداخت. بسيارى توفيق سلطان حسين بايقرا را در فعاليت‌هاى اميرعلى شيرنوايى وزير هنرمند او مى‌دانند.
به‌هرحال در مکتب هرات، نقاشى کتب و تذهيب و مرقع‌سازى به‌حد اعلاى خود رسيد.